El capítulo es la unidad fundamental de participación y organización de Los Pipitos, constituido mediante la afiliación de al menos 50 familias en un municipio. En el capitulo la máxima autoridad es la asamblea de afiliados, que elige cada tres años a una junta directiva municipal, quien organiza comisiones de trabajo, de acuerdo a las necesidades y características propias existentes, en las áreas de salud, educación, deporte, arte, integración laboral, genero, y comisiones de acuerdo al tipo de discapacidad de sus hijos e hijas, para la incorporación de las familias en los procesos de rehabilitación e integración social, y búsqueda de alternativas para el cumplimiento de los derechos de la niñez, adolescencia y juventud con discapacidad de Nicaragua. Actualmente existen 85 capítulos de Los Pipitos organizados en igual número de municipios.
Un listado de los capítulos con los datos de contacto, se puede acceder por el menú de las regiones al lado derecho del mapa.